Werden Gebäude sowohl für vorsteuerunschädliche Zwecke als auch für vorsteuerschädliche Zwecke (z.B. private Eigennutzung oder steuerfreie Vermietung) verwendet, ist nur ein anteiliger Vorsteuerabzug möglich. Aktuell hat der Bundesfinanzhof seine Rechtsprechung bestätigt, wonach sich die Aufteilung im Regelfall nach dem objektbezogenen Flächenschlüssel richtet. Allerdings sind die Vorsteuerbeträge nach dem (objektbezogenen) Umsatzschlüssel aufzuteilen, wenn erhebliche Unterschiede in der Ausstattung der Räume bestehen.
Da der Flächenschlüssel in der Regel eine präzisere Aufteilung ermöglicht, schließt er sowohl den gesamtunternehmensbezogenen wie auch den objektbezogenen Umsatzschlüssel aus.
Der Flächenschlüssel findet aber dann keine Anwendung, wenn die Ausstattung der Räumlichkeiten (Höhe der Räume, Dicke der Wände, Innenausstattung) erhebliche Unterschiede aufweist. In solchen Fällen ist die Vorsteueraufteilung anhand des objektbezogenen Umsatzschlüssels vorzunehmen (BFH-Urteil vom 7.5.2014, Az. V R 1/10; BFH-Urteil vom 22.8.2013, Az. V R 19/09).